中卫云医疗数据分析与应用技术研究院具有国家版权局计算机软件著作权的全国单病种质量监测系统、全国医院不良事件申报系统和数据分析技术软件平台与算法工具。研究团队2008年起承担卫健委的《特定（单）病种质量监测系统》和《医疗安全（不良）事件报告系统》两个直报系统。
特定（单）病种质量控制就是国际公认的有效提高医疗质量的工具之一，特定（单）病种质量管理的定义是针对患者临床诊疗服务，以规范临床诊疗行为为基点，运用信息化平台，实施临床质量精细化管理。实现对病种结构（基础）质量、过程（环节）质量、结果（终末）质量的控制。卫健委自2009年5月启动了单病种质量控制工作（卫办医政函【2009】425号），并同期启动单病种质量管理网络直报工作，要求三级医院通过国家卫生健康委医政医管局医疗质量管理与控制信息网（www.ncis.cn）特定（单）病种质量监测系统直报数据。迄今已颁布三批共12个特定（单）病种纳入质量管理直报系统，对医疗机构规范诊疗行为，保障医疗质量和医疗安全，发挥了非常重要的指导作用。
特定（单）病种质量监测系统2009年上线以来，已收集全国900多所医院上报320多万条病例数据，系统分析产生有效医疗数据量1.63亿。所有信息源自住院病历，可真实反映医院与临床科室实际医疗水平和质量，形成从结构（基础）质量、过程（环节）质量、结果（终末）质量的结构到过程到结果的质量全过程的数据链。
中卫云医疗数据应用技术研究院专家团队研发的《医疗安全（不良）事件报告系统》医疗安全不良事件是医疗机构自愿报告制度，通过对数据分析，向医疗机构提出医疗安全警示和改进建议，实现安全医疗的目标，目前数据库已收集10万余例医疗不良事件报告。
海量数据已经体现出大数据分析的特点，基于大数据的、可以预测的、与医院质量和患者安全有关系的指标，不仅宏观上公正、客观地评价我国特定单病种临床诊疗环节质量和患者安全、患者满意度，其中质量控制“核心”指标亦有助于各级医院各科室通过全国质量数据尺进行对应比较，从而了解本院及本科室重点疾病的医疗能力处于什么水平，使医疗质量管理更加科学、有效、系统。